Dificultad: Linux es difícil. Este mito no es infundado pero sí anticuado: inicialmente Linux estaba reservado a personas con abundantes conocimientos de informática. Actualmente ya no es necesario saber tanto para usar Linux y es asequible a quien conozca Windows. Antes, la configuración de Linux debía hacerse en línea de comando, pero ahora, la mayoría de las distribuciones contienen paquetes para configurar gráficamente el sistema.
Linux tiene un sistema gráfico "feo". XWindow ya ha terminado la fase inicial de desarrollo. Ahora es de los sistemas de ventanas más completos y personalizables. Llegan hasta tal punto las posibilidades de personalización del escritorio de Linux que los grandes partidarios de este sistema muestran orgullosos en muchas páginas de internet verdaderas obras de arte en sus escritorios, que se suelen llamar pantallazos.
Para utilizar Linux es necesario saber programar. Cualquier programador apreciará las posibilidades de Linux para programar, pero es totalmente falso. Linux tiene aplicaciones equivalentes a las más usadas de otros sistemas que se utilizan igualmente. Es más, en muy pocas tareas el administrador necesitará programar (sí lo necesitara en algunas tareas de configuración compleja, y aún así la programación será muy simple).
En Linux no hay virus. Ahora mismo puede afirmarse que no hay virus (es posible que alguno exista), pero es porque muy poca gente, en comparación con otros sistemas (léase Windows), usa Linux. Un dato curioso es que existen antivirus para Linux, pero sus listas contienen virus para Windows.
Hay poco soporte de Hardware para Linux. Pese a que los fabricantes de hardware no han puesto (hasta ahora, pues esto está cambiando) demasiado interés en proporcionar drivers para Linux de sus dispositivos, no suele ser difícil encontrar estos drivers o unos alternativos en internet. Y muy difícil es que no encuentre ayuda en foros o documentos para instalarlos en Linux. Además, el trabajo de los desarrolladores del Kernel de Linux (el núcleo, código del Sistema Operativo que contiene los drivers de los dispositivos más básicos y sobre el que se apoyan las aplicaciones) incluye en dicho núcleo de Linux una amplísima cantidad de soporte. Con un núcleo actual, no habrá demasiado hardware que se escape a él.
En Linux no se puede utilizar Microsoft Office y no es compatible. Efectivamente en Linux no podremos usar Office, pero existen suites ofimáticas similares como puede ser OpenOffice, que además es compatible con los ficheros creados mediante Office. El manejo de OpenOffice (y similares) es igual al de Microsoft Office.
